《國民經濟和社會發展第十一個五年規劃綱要》指出的重點流域水污染治理工程包括 “三河三湖”、三峽庫區，長江上游、黃河中上游、松花江、南水北調水源及沿線的水污染治理。 重點流域涉及全國18個省、自治區、直轄市，大多是經濟發達地區。近年來，國家對重點流域 水污染防治的投入不斷增加，主要污染物排放總量繼續降低，部分河湖水質有所改善，但從總 體上看，重點流域主要污染物排放明顯超過環境容量，部分治污工程建設和運營還存在一些 問題，水污染防治形勢仍然十分嚴峻。
三河指淮河、海河和遼河流域水污染防治，三湖指巢湖、滇池和太湖水污染防治，兩區指酸雨控制區和二氧化硫控制區，一市指北京市環境綜合治理，一海指渤?！氨毯Ｐ袆佑媱潯保?、三峽庫區水污染防治和南水北調水污染治理工程共12個項目
1. 借鑒河涌整治的經驗，采取“閘群聯動”的方式對運河河水進行聯合調度，增加運河源頭活水，加快水體流動，增加水體溶解氧，增強污染物的自凈和稀釋擴散能力。
2. 開展河道暢通工程試點，清除運河底泥、沿岸垃圾以及障礙物，進行全面清淤疏浚，有效減少底泥有機物厭氧發酵釋放氨和硫化氫等類臭氣，同時確保運河水流暢通，避免運河內污水長期滯留。待試點取得經驗后再全面鋪開，全面治理全市各內河，確保有效消除河涌黑臭現象。
3. 治工業污染。大力整治流域內的重點污染企業，重點對流域內的重點污染企業進行分類整治。進一步深化畜禽養殖業污染整治，防止養殖業反彈，徹底杜絕養殖業對水環境的污染。
4. 嚴格控制流域內新、擴、改項目建設。對能耗高、污染重和不符合國家產業政策的項目不予審批。
5. 實施污染治理再提高工程。對流域內所有不能穩定達標排放和排放污染物超過總量控制的排水企業實施污染治理再提高工程，流域內的8家企業年底前實現穩定達標。對不符合國家產業政策和污染物排放濃度高且不能穩定達標或治污無望的企業分批實施關停。
6. 加快城市污水處理廠建設，確保工程盡快正常運轉。
7. 治理垃圾污染。對沿河生活垃圾2005年全部實現集中收集、運輸和處理，嚴厲查處向河道傾倒生活垃圾和建筑垃圾等行為。
8. 加強面水源污染控制。積極發展生態綠色農業，將農藥、化肥的畝使用量控制在全省平均水平以下。